STIE Hidayatullah adalah perguruan tinggi  ketiga yang didirikan  oleh Ormas Hidayatullah. Dimana sebelumnya sudah didirikan Sekolah Tinggi Agama Islam Lukmanul Hakim (STAIL) di Surabaya dan Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) di Balikpapan. Cikal bakal STIE Hidayatullah sebenarnya sudah dirintis sejak tahun 1999 di Cipinang Cempedak Jakarta Timur dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen (STIM) Hidayatullah. Namun kemudian, berpindah kampus di Pondok Pesantren Hidayatullah Depok dengan nama STIE Hidayatullah dan mendapat legalitas dari Kementrian Pendidikan Nasional sesuai dengan SK Mendiknas RI No. 06/D/O/2009.

STIE Hidayatullah lahir karena sebuah tanggung jawab dan keprihatinan dari kenyataan bahwa lembaga pendidikan pada umumnya telah melahirkan manusia penggerak pembangunan yang hanya berorientasi materi serta bermental pekerja. Untuk itulah, STIE Hidayatullah dengan jurusan yang dibukanya berupaya mendidik calon penggerak pembangunan yang siap ditugaskan oleh PP Hidayatullah ke seluruh Indonesia, bermental pemimpin serta memiliki kecerdasan spiritual yang tinggi.