Menelusuri sejarah berdirinya Institut Studi Islam Sunan Doe sesungguhnya berawal dari mimpi besar dari pendiri Pondok Pesantren Yayasan Darussalam Alkubro (YADARO), bapak DR (HC). H. Muhammad Saleh, yang ingin memiliki perguruan tinggi islam suatu saat nanti. Harapan dan mimpinya itu diutarakan kepada anak pertama beliau selaku ketua Yayasan ponpes Yadaro, TGM. H. Yahya Ibrahim Saleh Al Madani, M.Hi untuk supaya diaminkan oleh beliau. Ketua Yayasan Ponpes YADARO secara perlahan tapi pasti mulai merencanakan dan menjalankan rencana tersebut sedikit demi sedikit. Mula-mula, rencana tersebut ketua Yayasan sampaikan kepada sekretarisnya, Ahmad Yani, S.Pd. untuk bagaimana caranya Perguruan Tinggi bisa didirikan. Institut Studi Islam Sunan Doe memulai kepengurusannya sejak tanggal 1 November 2018 yang di kerjakan oleh Bayu Islam Assasaki, S.Si., S.Hum selaku Rektor, dan Rizal Akbar, S.Pd., M.Si selaku Wakil Rektor I, dalam rangka membawa proposal pendirian perguruan tinggi ke KOPERTAIS IV Surabaya. Setelah empat hari kemudian, pada tanggal 5 November 2018 KOPERTAIS IV Surayabya mengeluarkan surat rekomendasi bahwa YADARO berhak secara legal mendirikan perguruan tinggi setingkat institut dengan jumlah enam program studi. Pada tanggal 10 November 2018, Institut Studi Islam Sunan Doe membawa proposal rekomendasi perguruan tinggi ke kementerian agama Jakarta. Setelah melalui tahap penyeleksian di kementerian agama, proposal pendirian Institut Studi Islam Sunan Doe dinyatakan layak untuk ditindaklanjuti melalui proses visitasi oleh pihak kemenrterian agama dan badan akreditasi nasional perguruan tinggi (BAN-PT) pada tanggal 24 Desember 2018. Pada tanggal 13 November 2019, Institut Stuidi Islam Sunan Doe resmi diakui secara nasional dengan dikeluarkannya akreditasi minimum oleh BAN-PT dengan nomor SK BAN-PT nomor 61/SK/BAN-PT/Min-Akred/XI/2019. Pada tanggal 10 Maret 2020, surat keputusan agama Republik Indonesia nomor SK 239 tahun 2020 tentang izin pendirian izin Institut Studi Islam Sunan Doe secara resmi ditandatangani oleh menteri agama. Berkenaaan dengan nama, nama Institut Studi Islam Sunan Doe mengalami proses perubahan yang cukup panjang yang diawali dengan nama Institut Studi Islam Rajawali 99, setelah melakukan pertimbangan bersama dirubah menjadi ISTAWA (Institut Studi Islam Wali Sang Saka). Namun, dengan berbagai persoalan yang dihadapi akhirnya Ketua Yayasan Pondok Pesantren YADARO TGM. H. Yahya Ibrahim Saleh Almadani memutuskan untuk merubahnya dengan nama Institut Studi Islam Sunan Doe. Secara bahasa, Sunan Doe memiliki makna yang dalam. Sunan berasal dari kata bahasa Arab, sunnah, sunnatan, sunanun yang memiliki makna orang-orang yang mengikuti sunnah Rasullullah Shallallaahu ‘Alaihi Wasallam baik qouliyah, fi’liyah maupun taqriryah. Sementara Doe, berasal dari kata bahasa Sasak yang berarti milik atau kepunyaan. Jadi Sunan Doe secara leterlek memiliki makna orang-orang yang mengikuti sunnah Nabi dan memiliki segala hal yang diimpikan di masa mendatang.