STEI Yogyakarta mulai berdiri sejak tanggal 13 Mei 1996. mendapatkan pengakuan dari pemerintah Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Islam Departemen Agama RI, mulai tanggal 22 desember 1997. STEI Yogyakarta merupakan perubahan positioning, yang semula adalah STIS Yogyakarta. _n_ STEI Yogyakarta mendapat status terdaftar dengan No: E/290/1997 dan mendapat akreditasi pertama kali pada tahun 2000 dengan SK BAN_PT No. 003/BAN-PT/AK-VII/S1/IX/2003 tanggal 19 September 2003 dengan akreditasi B untuk kedua program studi. Pada bulan april 2005 STIS Yogyakarta berubah menjadi STEI Yogyakarta dengan fokus Program Studi Manajemen Perbankan Syariah (MPS).